Ayundo valt onder het bestuur van de bestuurscommissie Zaan Primair. Dit bestuur bestaat uit een achttal personen en is gekozen door alle geledingen van het openbaar primair onderwijs in Zaanstad. De leden van de commissie zijn benoemd op basis van het bezitten van een of meer vaardigheden op bestuurlijk, financieel, juridisch, personeel - organisatorisch, marketing/PR en onderwijskundig terrein. De bestuurscommissie draagt de bestuurlijke verantwoordelijkheid voor alle basisscholen en speciale basisscholen in Zaanstad en bestuurt op hoofdlijnen.
De bestuurscommissie heeft de verantwoordelijkheid voor de gang van zaken binnen zaan Primair gemandateerd aan de Algemeen Directeur. Deze heeft de algehele leiding over de organisatie en geeft leiding aan de schooldirecties. De Algemeen Directeur wordt bijgestaan door clustermanagers en een aantal stafleden, die beleidsvoorbereidend en beleidsuitvoerende taken hebben op het gebied van personeelszaken, onderwijskundige zaken, financiën, beheer en ICT.